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毕业证书电子注册号的查询方式有多种，以下是一些常见的方法。
1、通过学信网查询：在浏览器中输入“学信网”，找到“中国高等教育学生信息网（学信网）”，点击进入，在首页找到“学籍学历查询”，点击进入，然后在页面右侧找到“零散查询”，输入自己的证书编号和姓名进行学历查询，在查询结果中，可以看到电子注册编号。
2、通过学校官网查询：大多数学校的官网都提供了学历查询服务，进入学校官网后，找到“证书查询”或“学籍查询”等相关服务，输入个人信息（如姓名、身份证号或准考证号等），即可查询到毕业证书的电子注册号。
3、直接联系学校查询：如果以上方法无法获取电子注册号，可以直接联系毕业学校的教务部门或相关档案部门，提供个人信息以获取电子注册号。
不同学校的毕业证书电子注册号查询方式可能存在差异，建议根据具体情况选择适合的查询方式，要确保查询网站的安全性，避免个人信息泄露。